O planalto da Bacia do Alto Paraguai (BAP), onde nascem os rios que abastecem o Pantanal, perdeu 6,7 milhões de hectares de vegetação nativa entre 1987 e 2025. Dados do MapBiomas mostram ainda redução de 2,89 milhões de hectares na superfície de água da bacia entre 1985 e 2025. No mesmo intervalo, a área alagada média do Pantanal caiu 53%, passando de 5,99 milhões para 2,79 milhões de hectares.
A BAP ocupa 21 milhões de hectares e reúne áreas do Cerrado e da Amazônia. Segundo o MapBiomas, as áreas naturais representavam 85% do território da bacia em 1985 e passaram para 60% em 2025. No período, as pastagens avançaram 6,9 milhões de hectares e a agricultura, 1,49 milhão. Em 2025, 84% da área ocupada pela agropecuária na bacia estava no planalto.
Ao longo da série histórica, 94% da perda de vegetação nativa ocorreu em formações savânicas e florestais. A agricultura cresceu 304% entre 1985 e 2025, e 37% da área agrícola registrada em 2025 surgiu sobre vegetação nativa suprimida nesse intervalo. Entre 2017 e 2025, a supressão alcançou 446 mil hectares, com 48% em formações campestres.
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A duração das inundações também encolheu. Em 1988, 3,8 milhões de hectares ficaram alagados de seis a 12 meses. Em 2025, a área inundada por seis meses ou mais foi de 820 mil hectares.
